Kedatangan Nenek Moyang Bangsa Indonesia berlangsung secara bertahap, Sejak zaman es pulau pulau di kawasan nusantara masih saling terhubung. Hal ini memungkinkan adanya migrasi manusia dan fauna dari Asia ke kawasan nusantara. Perpindahan tersebut di awali dari binatang-binatang Asia yang selanjutnya di ikuti oleh manusia.
Berdasarkan hasil penelitian yang terjadi pada kala pleistosen. Ditemukannya situs paleontologi tertua didaerah Bumiayu yang terletak di sebelah selatan Tegal (Jawa Tengah) dan Rancah di sebelah timur Ciamis (Jawa Barat) yaitu mastodon bumiayuensis (spesies gajah) dan rhinoceros sondaicus (spesies badak), merupakan bukti bahwa terjadi migrasi dari Asia ke Indonesia. Proses migrasi yang terjadi pada masa pleistosen inilah yang menyebabkan wilayah Indonesia mulai dihuni oleh manusia.
Kedatangan Nenek Moyang Bangsa Indonesia berlangsung secara bertahap, Dari segi fisik, manusia dapat di kelompokkan ke dalam kelompok ras Mongoloid dan ras Austroloid. Ras Austrolid merupakan penghuni pertama sebelum kedatangan dari Asia.
Namun tingkat adapsi mereka rendah sehingga budaya dan kehidupan mereka tidak mampu bertahan lama. Bahkan keturunan ras Austroloid nampaknya tidak ada yang mampu bertahan di Jawa. Namun masih didapati di Suku Anak Dalam atau Kubu Sumatra Tengah dan sebagian besar Indonesia Bagian Timur.
Berdasrkan proses gelombang migrasinya, masa pra aksara setidaknya terbagi menjadi tiga gelombang besar antara lain:
a. Migrasi Vedda
Gelombang migrasi pertama ke Indonesia dilakukan oleh bangsa Melanesia atau disebut juga dengan Papua Melanosoide yang merupakan rumpun bangsa Melanosoide/Ras Negroid.Paul dan Frizt Sarasin mengemukakan bahwa penduduk asli Indonesia adalah suatu ras yang berkulit gelap dan bertubuh kecil.
Ras ini pada awalnya mendiami Asia Bagian Tenggara yang saat itu masih bersatu sebagai daratan pada zaman es atau periode glasial. Namun, setelah periode es berakhir dan es mencair, maka daratan tersebut kemudian terpisah oleh Laut Tiongkok Selatan dan Laut Jawa.
Akibatnya, daratan yang tadinya bersatu kemudian terpisah menjadi daratan utama Asia dan Kepulauan Indonesia. Penduduk asli tinggal di daerah pendalaman dan penduduk pendatang tinggal di daerah pesisir. Penduduk asli itu disebut sebagai suku bangsa Vedda oleh Sarasin. Ras yang masuk dalam kelompok ini adalah suku bangsa Hieng di Kamboja, Miaotse, Yao-Jen di Cina, dan Senoi di Semenanjung Malaya.
Orang Vedda kemudian menyebar ke Timur dan mendiami wilayah Papua, Sulawesi Selatan, Kei, Seram, Timor Barat, Flores Barat, dan terus ke timur, tapi sebagian ada juga yang menyebar ke arah barat dan menghunipulau Sumatra.
b. Migrasi Bangsa Proto Melayu
Setelah kedatangan orang Vedda ke Nusantara, kemudian disusul oleh kedatangan dua gelombang besar manusia yang dikenal sebagai Proto Melayu dan Deutro Malayu. Proto Melayu diyakini sebagai nenek moyang orang Melayu Polinesia yang tersebar dari Madagaskar sampai pulau-pulau paling timur di Pasifik.
Mereka diperkirakan datang dari Cina bagian selatan. Ras Melayu ini mempunyai ciri-ciri rambut lurus, kulit kuning kecoklatan-coklatan, dan bermata sipit. Dari Cina bagian selatan (Yunan) mereka bermigrasi ke Indocina dan Siam, kemudian ke Kepulauan Indonesia. Mereka itu mula-mula menempati pantai- pantai Sumatera Utara, Kalimantan Barat, dan Sulawesi Barat.
Migrasi yang dilakukan oleh suku bangsa Proto Melayu dilakukan dengan menggunakan perahu bercadik satu. Peristiwa tersebut terjadi sekitar 3000 SM. Suku bangsa Proto Melayu, antara lain suku Nias, Gayo, dan Alas di Sumatera Utara, Batak di Sumatera, Kubu di Sumatera, Dayak di Kalimantan, dan Toraja di Sulawesi.
c. Migrasi Bangsa Deutro Melayu
Nenek moyang bangsa Indonesia dari golongan Melayu Muda (Deutro Melayu) tiba di kepulauan Indonesia sekitar tahun 500 SM. Migrasi yang dilakukan oleh suku bangsa Deutro Melayu dilakukan dengan menggunakan perahu bercadik dua. Nenek moyang tersebut datang sambil membawa kebudayaan logam yang berasal dari Dongson, Vietnam Utara.
Kebudayaan logam tersebut antara lain; candrasa, nekara, manik-manik, arca, dan bejana perunggu. Jalur penyebaran nenek moyang bangsa Indonesia dari golongan ini dimulai dari daratan Asia ke Thailand, Malaysia Barat, dan berlanjut ke tempat-tempat di Indonesia. Gelombang terakhir nenek moyang ini masih tergolong ras Austronesia.
Selanjutnya, semakin berkembang ras Papua- Melanesoid, Austronesia, dan sisa ras Austro-Melanesoid melahirkan bermacam-macam suku bangsa yang tersebut di seluruh pelosok Indonesia.
Baca juga Nenek Moyang Bangsa Indonesia
Bangsa Deutro Melayu berkembang menjadi suku-suku yang ada sampai saat ini, seperti Melayu, Minang, Jawa, Sunda, dan lain-lain. Dalam perkembangan selanjutnya, Proto-Melayu dan Deutero Melayu berbaur, sehingga sulit dibedakan.
Walaupun demikian, nenek moyang bangsa Indonesia dapat dikatakan serumpun yaitu keturunan penduduk asli dan dua gelombang migrasi dari utara.