Serangan Kedua Pasukan Mataram Terhadap Kekuasaan VOC, Mataram segera mempersiapkan serangan kedua Kali ini pasukan Mataram dipimpin Kyai Adipati Juminah, K.A. Puger, dan K.A. Purbaya. Serangan dimulai tanggal 1 Agustus dan berakhir 1 Oktober 1629.
Serangan kedua inipun gagal. Selain karena faktor kelemahan pada serangan pertama, lumbung padi persediaan makanan banyak dihancurkan Belanda.
Pangeran Mangkubumi dan Mas Said Melawan VOC
Di samping Sultan Agung, perlawanan terhadap kekuasaan VOC juga dilakukan oleh Pangeran Mangkubumi dan Mas Said.
Serangan ini gagal dikarenakan serangan ini kurang teliti memperhitungkan medan pertempuran; Kekurangan perbekalan dan Kalah persenjataan.
Perlawanan terhadap kekuasaan Belanda di Indonesia semakin meluas di berbagai daerah dalam kurun waktu yang panjang, sporadis dan memberikan kesan bahwa bangsa Indonesia tidak menurut begitu saja terhadap kesewenang-wenangan bangsa asing.
Pattimura Ayam Jantan dari Timur
Jiwa pantang menyerah dan kepahlawanan selalu ditunjukkan oleh pemimpin-peminpin daerah yang menyaksikan langsung penderitaan dan kesengsaraan rakyat Indonesia. Perlawanan rakyat Maluku tahun 1817, dipimpin oleh Thomas Matulesi. Ia dijuluki Pattimura.
Tokoh-tokoh dalam pelawanan ini antara lain; Christina Martha Tiahahu, Anthon Rhebok, Thomas Pattiwwail, dan Lucas Latumahina. Kapitan Patimura segera memimpin rakyat untuk menyerbu benteng Duurstede. Tanggal 15 Mei 1817 perlawanan rakyat Maluku dikobarkan.
Pada awalnya pasukan Belanda dapat dihancurkan oleh para pejuang Maluku. Kemenangan rakyat Maluku semakin menggelorakan masyarakat di berbagai daerah untuk terus berjuang mengusir Belanda, seperti di Seram, Arnbon, Hitu, Haruku, dan Larike.
Perang Paderi
Perlawanan terhadap kekuasaan Hindia Belanda juga terjadi di daerah lain. Perang melawan kekuasaan kolonialisme Belanda di Sumatra Barat, dikenal dengan Perang Paderi, yakni perlawanan kaum Paderi melawan Belanda.
Pada tahap I, kaum Paderi menyerang pos-pos dan pencegatan terhadap patroli- patroli Belanda. Pasukan Paderi menggunakan senjata-senjata tradisional, seperti tombak dan parang.
Sedangkan Belanda menggunakan senjata-senjata lebih lengkap dan modern seperti meriam dan senjata api lainnya.
Tokoh pemimpin perang paderi antara lain Tuanku Pasaman memusatkan gerakannya di Lintau, Tuanku Nan Renceh di sekitar Baso, Peto Syarif yang terkenal dengan sebutan Tuanku Imam Bonjol memusatkan perlawanan di Bonjol.
Tuanku Imam Bonjol
Dari sekian banyak perlawanan kaum Paderi, yang paling terkenal adalah perlawanan kaum Paderi di Agam. Perlawanan yang muncul tahun 1823 dipimpin Tuanku Imam Bonjol (M Syahab), Tuanku nan Cerdik, Tuanku Tambusai, dan Tuanku nan Alahan.
Baca juga Awal Kedatangan Bangsa Belanda dan Bangsa Inggris di Indonesia
Perlawanan kaum Padri berhasil mendesak benteng- benteng Belanda. Karena di Jawa Belanda menghadapi perlawanan Pangeran Diponegoro (1825 – 1830), Belanda akhirnya melakukan perdamaian di Bonjol tanggal 15 Nopember 1825.