SBY bersama Jusuf Kalla menjadi Presiden Pertama Dipilih Langsung oleh rakyat Indonesia melalui pemilu. Pada pemilihan umum berikutnya pada tahun 2009, SBY juga mampu memenangkan pemilu dengan wakil yang berbeda yakni Boediono.
SBY bersama Jusuf Kalla, pada periode pertama menjadi Presiden Indonesia, SBY kemudian menyusun kabinet kerjanya yang dinamakan dengan Kabinet Indonesia Bersatu I, dan pada periode kedua kabinetnya dinamakan dengan Kabinet Indonesia Bersatu II.
Kabinet Indonesia Bersatu
Proporsi menteri yang disusun oleh SBY saat menjadi Presiden tidak semuanya berasal dari partai politik, SBY juga mengangkat menteri dari kalangan profesional yang memang sudah memiliki rekam jejak positif.
Pada Kabinet Indonesia Bersatu I jumlah mentri yang diangkat sebanyak 36 menteri, sedangkan pada Kabinet Indonesia Bersatu II jumlah mentri yang diangkat sebanyak 34 menteri.
Sejak tahun 2004 sistem politik Indonesia berlaku sistem kedaulatan rakyat secara penuh karena rakyat dapat memilih secara langsung anggota legislatif daneksekutif.
Sejak awal masa pemerintahannya, Presiden dan Wakil Presiden pilihan rakyat Indonesia itu telah menyusun Rencana Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN).
Yaitu rencana pembangunan lima tahunan, berdasarkan visi, misi, dan program prioritas mereka. Hal ini sesuai dengan amanat Undang- undang (UU) No. 25 Tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional.
Tiga Agenda Nasional Pemerintahan SBY
Tertuang dalam RPJMN pada era kepemimpinan SBY adalah : (1) menciptakan Indonesia yang aman dan damai, (2) mewujudkan Indonesia yang adil dan demokratis, dan (3) meningkatkan kesejahteraan rakyat.
Beberapa keberhasilan dari program tersebut antara lain, penyelesaian konflik dalam negeri seperti Aceh dan Poso, penyelesaian masalah perbatasan dengan negara tetangga, peningkatan pelayanan masyarakat melalui otonomi daerah.
Dalam hal pembagian kekuasaan antara pusat dan daerah, pada era pemerintahan SBY juga dilakukan pemilihan kepala daerah secara langsung oleh rakyat, mulai dari, bupati / walikota hingga gubernur sebagai bentuk implentasi dari proses demokrasi diIndonesia.
Proses transisi demokrasi di Indonesia tersebut dapat berjalan secara damai tanpa adanya kekerasan pada era ini.
Reshufle Kabinet
Pada periode pertama ini SBY melakukan dua kali pergantian posisi menteri (reshufel kabinet), yang pertama dilakukan pada tahun 2005 dan kedua pada tahun 2007.
Baca juga Abdurrahman Wahid dan Megawati sebagai Presiden dan Wakil Presiden
Pergantian menteri tersebut juga tidak lepas dari kekebasan berpendapat masyarakat pada era pemerintahan ini yang begitu luas, sehingga masyarakat dapat mengkritik, mengevaluasi serta memberikan masukan kepada SBY mengenai kinerja kabinetnya.
